La Junta Directiva se establece cada dos años por la Asamblea General de Asociados y está conformado por un Presidente, tres Vice Presidentes, un Tesorero, un Secretario, tres Vocales y un Fiscal. ​​

Las tres vocalías son representantes del Consejo Consultivo Empresarial.

Actualmente, son parte de la Junta Directiva, representes de asociaciones empresariales de las diversas subregiones de las Américas: por Norteamérica CONMEXICO, por Centroamérica CACIA (Costa Rica) y por Suramérica Andi Alimentos (Colombia), Chilealimentos (Chile), COPAL (Argentina), ABIA (Brasil) y ABRESA (Perú).